Organizace Euro NCAP ocenila ochranu dospělých členů osádky velice dobrou hodnotou 93 %. Při testu bočního nárazu byly všechny kritické tělesné partie dobře chráněny. Kromě toho vyzdvihla Euro NCAP ochranu krční páteře cestujících při kolizi zezadu. Také systém nouzové brzdy fungoval i při nízkých rychlostech, běžných v městském provozu, spolehlivě a zabránil téměř všem kolizím. Plný počet bodů udělila Euro NCAP také za ochranu nohou chodců a ocenila výsledky ochrany hlavy chodců v případě srážky.
Karoq za svou skvělou pasivní bezpečnost vděčí vysoké torzní tuhosti, velkorysým deformačním zónám, extrémně pevnému bezpečnostnímu skeletu kabiny i použití vysokopevnostních ocelí, například v oblasti podélníků. Kompaktní SUV kromě toho disponuje sedmi sériově montovanými airbagy. Dětské sedačky lze připevnit pomocí úchytu Top Tether a systému Isofix, který je na přání k dispozici i pro sedadlo předního spolujezdce. Při nárazu zezadu snižují speciálně konstruované hlavové opěrky na předních sedadlech riziko poranění krční páteře řidiče a spolujezdce. Proaktivní systém ochrany posádky v případě kolize také přitáhne zapnuté bezpečnostní pásy na předních sedadlech a zavře otevřená okna, popř. i střešní okno až na malou štěrbinu. Tento systém je pro řadu trhů součástí sériové výbavy.
Kromě toho je Škoda Kaorq vybavena několika kamerami a asistenčními systémy na bázi radaru a dalších senzorů. Radarový systém Front Assist s funkcí nouzové brzdy City a detekcí osob pomáhá zabránit střetům s chodci. Parkovací asistent a asistent pro vyjíždění z parkovacího místa pomáhá při omezeném výhledu a varuje před skrytým nebezpečím.
K dalším prvkům, které na palubě vozu usnadňují řidiči jeho práci a současně zvyšují bezpečnost, patří adaptivní tempomat, asistent pro jízdu v pruzích, rozpoznávání dopravních značek na bázi kamery, funkce nouzového volání, asistent pro jízdu v kolonách a identifikace únavy řidiče.
